Biosequence processor and molecular cloning aid
Процессор биологических последовательностей следующего поколения
История версий
2.0.0а14 [24.09.2010]Нововведения:
Добавлена возможность использования альтернативных вариантов генетического кода. Таблицы взяты с сайта NCBI и
находятся в файле Genetic.codes в папке SQ libs ). К сожалению, в этих таблицах указано слишком много
альтернативных старт-кодонов для некоторых вариантов кода - проверяйте соответствие вашему конкретному случаю!
Если нужен нестандартный код - редактируйте этот файл - там все очевидно. По умолчанию для всех новых
последовательностей устанавливается бактериальный код (№11), а не стандартный №1 (разница - только в
альтернативных старт-кодонах; если использовать только AUG, разницы нет). Смена кода - пока только через кнопку
"свойства" на панели при активной закладке "sequence", там же можно указать, будут ли использоваться все
возможные старт-кодоны или только первый (по умолчанию), а также минимальную длину открытых рамок считывания
для функции ORFMap. Установленый через эти опции код сохраняется вместе с файлом, но параметры рамок
записываются в файл SQ.ini и будут использоваться по умолчанию в дальнейшем
Изменения:
- Сохранение генетического кода привело к изменению формат файла .sq. Для ранее созданных файлов при открытии
устанавливается (и в дальнейшем сохраняется) код №11. Это изменение должно быть незаметно при обычном
использовании.
- Также изменился формат файла SQ.ini. Если устанавливаете в директорию, где была предыдущая версия SQ (что делать не рекомендуется) - выбросьте старый .ini файл.
Исправления:
- пара мелочей и один серьёзный баг, на которые пока никто не жаловался.
- Также изменился формат файла SQ.ini. Если устанавливаете в директорию, где была предыдущая версия SQ (что делать не рекомендуется) - выбросьте старый .ini файл.
Исправления:
- пара мелочей и один серьёзный баг, на которые пока никто не жаловался.
2.0.0а13 [ 02.08.2010]
Нововведения:
- Добавлена возможность смены набора икон, используемых в SQ. К этому релизу прилагается полтора таких набора:
стандартный цветной и серый им. Леонида Николаевича (неполный). Процедура смены набора: удалите файл
Default.iset из папки SQ libs, сделайте копию расположенного в той же папке файла Gray.iset, переименуйте ее в
Default.iset, перезапустите SQ (Для возвращения к исходному состоянию используйте файл Standard.iset).
Естественно, в финальной версии будет использован более удобный способ смены наборов икон.
- Все желающие могут сделать свой собственный набор икон с помощью простой утилиты SQ iset manager Исправления;
- Считываются маски икон панели инструментов и правильно отображаются полупрозрачные области икон.
- Все желающие могут сделать свой собственный набор икон с помощью простой утилиты SQ iset manager Исправления;
- Считываются маски икон панели инструментов и правильно отображаются полупрозрачные области икон.
2.0.0а11 [29.06.2010]
Основные цели релиза - повысить качество (разрешение) картинок, копируемых и печатаемых из SQ, и улучшить внешний вид панели инструментов.
Изменения:
- Печать и копирование используют текущее увеличение карты, что позволяет получить отпечаток или картинку с
хорошим разрешением (для этого перед печатью или копированием установите масштаб карты 400% (или 800%); при
печати картинка автоматически масштабируется до размера страницы. К финальной версии (т.е. не скоро) правильное
разрешение при копировании и печати будет устанавливаться автоматически.
- Максимальное увеличение карты повышено до 800% (рекомендуется использовать только для печати/копирования)
- Новая икона "Четыре кляксы" для функции "Select enzymes" на панели инструментов вместо вызывавшей подозрительные ассоциации старой
- Подредактированы цвета еще нескольких икон для большего единообразия
- При копировании карты на Clipboard помещаются только объекты (без полей)
Исправления:- Максимальное увеличение карты повышено до 800% (рекомендуется использовать только для печати/копирования)
- Новая икона "Четыре кляксы" для функции "Select enzymes" на панели инструментов вместо вызывавшей подозрительные ассоциации старой
- Подредактированы цвета еще нескольких икон для большего единообразия
- При копировании карты на Clipboard помещаются только объекты (без полей)
- Более точно отображаются объекты на карте
- Копирование карты теперь возможно, когда не выделено ни одной буквы последовательности
- Печать снова работает
- Копирование карты теперь возможно, когда не выделено ни одной буквы последовательности
- Печать снова работает
2.0.0а10 [ .0 .2010]
В этом релизе добавлена возможность масштабирования карт, что одновременно позволяет повысить разрешение при копировании растровой картинки (что необходимо только в Windows, в Mac OS копируется векторная картинка)
Нововведения:
- Добавлена возможность уменьшать/увеличивать карту. Для этого можно использовать меню "Map" и текстовое поле в
левом нижнем углу окна SQ
- меню "Map" работает (почти) полностью
Исправления:- меню "Map" работает (почти) полностью
- Кнопки на панели активируются после вставки последовательности в пустой редактор
- Улучшен вид линейки в текстовой карте (добавлены невидимые ранее в Win XP символы)
- Изменение карты (и редактирование свойств) теперь помечает файл как измененный (и активирует команду "Save File")
- Кнопка "Save File" активируется и деактивируется, когда положено - Убит злобный жук с удалением не тех свойств
- Улучшен вид линейки в текстовой карте (добавлены невидимые ранее в Win XP символы)
- Изменение карты (и редактирование свойств) теперь помечает файл как измененный (и активирует команду "Save File")
- Кнопка "Save File" активируется и деактивируется, когда положено - Убит злобный жук с удалением не тех свойств
2.0.0а9 [28.05.2010]
Нововведения:
- Изменение сиквенса в редакторе изменяет координаты имеющихся свойств (при необходимости). При этом с карты
убираются рестрикционные сайты
- если делеция частично захватывает аннотированное свойство последовательности, добавляется апостроф к названию со стороны, соответствующей "обрезанию"
- Добавлено меню "Map" с командами,влияющими на вид карты (пока работают только первые три)
- При попытке закрыть карту запрашивается подтверждение (карта все равно не удаляется и будет открыта при следующем открытии файла; чтобы ее убрать, удалите все свойства последовательности)
- Для предотвращения случайного изменения карты или сиквенса возможность редактирования можно отключить (снять "галочку" с строки "Edit Map" меню "Map"
Исправления:- если делеция частично захватывает аннотированное свойство последовательности, добавляется апостроф к названию со стороны, соответствующей "обрезанию"
- Добавлено меню "Map" с командами,влияющими на вид карты (пока работают только первые три)
- При попытке закрыть карту запрашивается подтверждение (карта все равно не удаляется и будет открыта при следующем открытии файла; чтобы ее убрать, удалите все свойства последовательности)
- Для предотвращения случайного изменения карты или сиквенса возможность редактирования можно отключить (снять "галочку" с строки "Edit Map" меню "Map"
- При активной закладке "Sequence" снова работают клавиши, отличные от алфавитных (стрелки управления курсором,
Del, Backspace и др.
- При сохранении файла SQ теперь должен правильно записывать расширение
- Control-W не закрывает закладку с последовательностью (закрывает файл)
- Название команды "Run PCR" заменено на более адекватное "Check primers"
Изменения:
- временно отключены функции Undo и Redo, которые все равно не работали, как положено
- изменен алгоритм отображения кривых на кольцевых картах (разница видна только в Mac OS)
- При сохранении файла SQ теперь должен правильно записывать расширение
- Control-W не закрывает закладку с последовательностью (закрывает файл)
- Название команды "Run PCR" заменено на более адекватное "Check primers"
Изменения:
- временно отключены функции Undo и Redo, которые все равно не работали, как положено
- изменен алгоритм отображения кривых на кольцевых картах (разница видна только в Mac OS)
2.0.0а8 [ .0 .2010]
Нововведения:
- Новая заставка при запуске - спасибо Л.Н. Валентовичу :-)
- заблокирован набор (и копирование) нелегальных символов
- Убрана ставшая избыточной команда "Clean up"
- при отсутствии сиквенса инактивированы команды меню, не имеющие смысла в этих условиях
Исправления:- заблокирован набор (и копирование) нелегальных символов
- Убрана ставшая избыточной команда "Clean up"
- при отсутствии сиквенса инактивированы команды меню, не имеющие смысла в этих условиях
- при непосредственном редактировании нуклеотидной последовательности соответственно меняются
координаты свойств
2.0.0а7 [06.05.2010]
Нововведения:
- Double-click объектов на карте открывает окно свойств
- Слегка реорганизовано меню "File", добавлена команда "Close tab". Control-W теперь закрывает закладку, а Control-Shift-W - окно
- Клавиши "Delete" и "Backspace", а также "Enter" и "CR" теперь работают на закладке "Features", удаляя - выделенное свойство или открывая окно для его редактирования
- Добавлено меню к окну "Primers"
Исправления:- Слегка реорганизовано меню "File", добавлена команда "Close tab". Control-W теперь закрывает закладку, а Control-Shift-W - окно
- Клавиши "Delete" и "Backspace", а также "Enter" и "CR" теперь работают на закладке "Features", удаляя - выделенное свойство или открывая окно для его редактирования
- Добавлено меню к окну "Primers"
-Клик правее последней закладки теперь не имеет никакого эффекта
-SQ должен полностью заканчивать работу при закрытии последнего окна
-Исправлена ориентация двух последовательностей в FeatureDB.txt, одна последовательность добавлена
-Исправлена ошибка с копированием и вставкой в одной из ориентаций
-Исправлена ошибка с открытием последовательностей, содержащих вырожденные нуклеотиды
-Подредактированы линейные карты векторов
-SQ должен полностью заканчивать работу при закрытии последнего окна
-Исправлена ориентация двух последовательностей в FeatureDB.txt, одна последовательность добавлена
-Исправлена ошибка с копированием и вставкой в одной из ориентаций
-Исправлена ошибка с открытием последовательностей, содержащих вырожденные нуклеотиды
-Подредактированы линейные карты векторов
2.0.0а6 [15.04.2010]
- Добавлено автоматическое сканирование свойств (меню "Features", субменю "Scan for Features"). База данных свойств находится в файле FeatureDB.txt и может редактироваться пользователем (соблюдайте кодировку и следите за непечатными символами!). Если в Вашем любимом сиквенсе автоматический поиск не находит стандартные свойства (гены антибиотикорезистентности, промоторы, точки ori и т.д.) – сообщайте!
- Немного изменен формат файла .sq (надеюсь, в последний раз)
- Исправлено медленное редактирование последовательности
2.0.0а5 [14.04.2010]
- Добавлено окно "SQ Help" (осталось этот самый help написать, все желающие могут приобщаться :-). Внимание! Несмотря на техническую возможность не рекомендуется использовать это окно в качестве замены web-браузера.
- Добавлено меню "Window".
- Изменен алгоритм обработки внутренних ошибок. Теперь SQ всегда должен давать возможность сохранить файлы
2.0.0а4 [9.04.2010]
- Выделение фрагмента последовательности за счет шифт-клика двух рестрикционных сайтов
- Симуляция клонирования: перенос фрагмента из одной молекулы в другую с автоматической проверкой ориентации. Фрагмент молекулы донора и сайт инсерции в молекуле реципиента должны быть выделены через совпадающие рестрикционные сайты. Предупреждение: если замещаемый фрагмент перекрывает одну из границ аннотированного свойства последовательности (напр., гена), после инсерции координаты такого укороченного гена могут оказаться неправильными. Пока (до следующей альфы) их придется подправить вручную.
- Изменение сиквенса (вставка-делеция) теперь перерисовывает рестрикционные сайты для выделенных ферментов в позициях по умолчанию (вместо того, чтобы убрать их вовсе)
- Фон карт прорисовывается вовремя – должно быть меньше визуальных глюков.
- Исправлено еще несколько мелких ошибок
2.0.0а3 [30.03.2010]
- Выделение названия фермента на карте выделяет распознаваемую им последовательность в закладке "sequence"
- Окно с ферментами теперь жестко привязано к активному окну с последовательностью
- Удалена неиспользуемая команда из меню (Copy picture)
- Немного изменены размеры и положение кольцевых карт для улучшения их внешнего вида (из-за этого текст на сделанных ранее картах подвинется; c релизом включен новый тестовый сиквенс)
- контекстные меню "Edit feature" и "New feature" опять работают
- исправлена небольшая проблема внешнего вида окна "Primers"
- в окне "About" правильный номер версии отражается автоматически
2.0.0а2 [27.03.2010]
- координаты свойств (генов, рамок и т.д.) корректно правятся при делеции или добавлении нуклеотидной последовательности
- добавлено меню "Features"
- открытый список свойств последовательности обновляется при ее редактировании
- заменена икона текстовой карты на панели инструментов на более патриотичную (с сайтом для EheI)
- опять работает ПЦР-модуль
- замучено насмерть несколько мелких жуков.
2.0.0а1 [23.03.2010]
Первый открытый выпуск радикально переработанной версии.
Новые функции:
- графические карты,
- текстовые карты,
- импорт последовательностей в формате Genbank
- панель инструментов,
- панель закладок
1.0-1.9 [даты релизов теряются в глубине веков]
Текстовые версии SQ только для внутреннего использования
