Документация

 
SQ - простейший редактор последовательностей ДНК, предназначенный в первую очередь для помощи в планировании молекулярного клонирования.
 
Основные функции:

• Создание, сохранение и изменение (включая аннотацию) нуклеотидных последовательностей;
• Графическое представление аннотированных последовательностей и позиций рестрикционных сайтов;
• Базовые манипуляции с последовательностью (комплементарная цепь, трансляция);
• Рестрикционный анализ (позиции сайтов, размеры фрагментов, текстовые и графические карты);
• Симуляция молекулярного клонирования;
• Проверка праймеров

 
Форматы файлов последовательностей.
В настоящий момент SQ способен открывать аннотированные последовательности в формате Genbank, текстовые файлы и файлы в своем собственном формате. Сохранение пока только в формате SQ. Формат SQ помимо собственно последовательности сохраняет ее аннотацию и графические карты (кольцевую и линейную).
 
Ограничения альфа-версии:
Графика только в экранном разрешении, изменение ее размера и разрешения пока невозможно.
Графические карты при копировании переводятся в растровый формат.
Для кольцевых молекул ДНК копирование фрагмента, пересекающего координату "0", невозможно.
Часть функций (особенно в меню "Extras" носит тестовый характер и будет, скорее всего, удалена в окончательной версии).
Изменение списка ферментов только через редактирование rebase-файла
Минимальные возможности настройки.
Добавление или удаление нуклеотидов приводит к сбросу в исходное состояние координат перемещенных вручную объектов.
 
 
Советы по использованию.

1. Во многих местах работает контекстное меню - пробуйте
2. Возможен последовательный выбор ферментов. Например, сначала выбрать с тупыми концами, затем те из них, которые режут 1 раз. Во всех случаях если какие-то ферменты в списке уже выделены, все последующие фильтры применяются уже к ним. Чтобы применить фильтр ко всему списку ферментов, сначала снимите уже имеющееся выделение (Restriction->Deselect All)
3. Сколько бы закладок ни было открыто, с файлом сохраняются только сиквенс и карта. Если карта не нужна, закройте закладку с ней перед сохранением файла.
4. Команда "Copy" из меню "Edit" копирует и сиквенс, и графику. По умолчанию при вставке в документ другой программы (напр. Word) будет вставлен сиквенс. Если нужна карта - используйте опцию "Paste special".

 
 
<WARNING!>
Форматы файлов могут немного меняться на стадии альфа-тестирования. Во избежание проблем не помещайте новый SQ.exe в папку со старыми вспомогательными файлами (в первую очередь SQ.ini)!
</WARNING!>
 
История версий
2.0.0а6 [20.04.2010]
Добавлено автоматическое сканирование свойств (меню "Features", субменю "Scan for Features"). База данных свойств находится в файле FeatureDB.txt и может редактироваться пользователем (соблюдайте кодировку и следите за непечатаемыми символами).

2.0.0а5 [14.04.2010]
- Добавлено окно "SQ Help" (осталось этот самый help написать, все желающие могут приобщаться :-). Внимание! Несмотря на техническую возможность не рекомендуется использовать это окно в качестве замены web-браузера.
- Добавлено меню "Window".
- Изменен алгоритм обработки внутренних ошибок. Теперь SQ всегда должен давать возможность сохранить файлы

2.0.0а4 [9.04.2010]
- Выделение фрагмента последовательности за счет шифт-клика двух рестрикционных сайтов
- Симуляция клонирования: перенос фрагмента из одной молекулы в другую с автоматической проверкой ориентации. Фрагмент молекулы донора и сайт инсерции в молекуле реципиента должны быть выделены через совпадающие рестрикционные сайты. Предупреждение: если замещаемый фрагмент перекрывает одну из границ аннотированного свойства последовательности (напр., гена), после инсерции координаты такого укороченного гена могут оказаться неправильными. Пока (до следующей альфы) их придется подправить вручную.
- Изменение сиквенса (вставка-делеция) теперь перерисовывает рестрикционные сайты для выделенных ферментов в позициях по умолчанию (вместо того, чтобы убрать их вовсе)
- Фон карт прорисовывается вовремя – должно быть меньше визуальных глюков.
- Исправлено еще несколько мелких ошибок
 
 
2.0.0а3 [30.03.2010]
- Выделение названия фермента на карте выделяет распознаваемую им последовательность в закладке "sequence"
- Окно с ферментами теперь жестко привязано к активному окну с последовательностью
- Удалена неиспользуемая команда из меню (Copy picture)
- Немного изменены размеры и положение кольцевых карт для улучшения их внешнего вида (из-за этого текст на сделанных ранее картах подвинется; c релизом включен новый тестовый сиквенс)
- контекстные меню "Edit feature" и "New feature" опять работают
- исправлена небольшая проблема внешнего вида окна "Primers"
- в окне "About" правильный номер версии отражается автоматически
 
2.0.0а2 [27.03.2010]
- координаты свойств (генов, рамок и т.д.) корректно правятся при делеции или добавлении нуклеотидной последовательности
- добавлено меню "Features"
- открытый список свойств последовательности обновляется при ее редактировании
- заменена икона текстовой карты на панели инструментов на более патриотичную (с сайтом для EheI)
- опять работает ПЦР-модуль
- замучено насмерть несколько мелких жуков.
 
2.0.0а1 [23.03.2010]
Первый открытый выпуск обновленной версии. Новые функции:
- графические карты,
- текстовые карты,
- импорт последовательностей в формате Genbank
- панель инструментов,
- панель закладок
 
1.0-1.9 [даты релизов теряются в глубине веков]
Текстовые версии SQ только для внутреннего использования