О программе SQ

SQ - редактор последовательностей ДНК, предназначенный  для создания, редактирования и анализа последовательностей ДНК, а также для моделирования экспериментов молекулярного клонирования и ПЦР.

Основные функции:

• Создание, сохранение и изменение (включая аннотацию) нуклеотидных последовательностей;
• Графическое представление аннотированных последовательностей и позиций рестрикционных сайтов;
• Базовые манипуляции с последовательностью (комплементарная цепь, трансляция);
• Рестрикционный анализ (позиции сайтов, размеры фрагментов, текстовые и графические карты);
• Симуляция молекулярного клонирования;
  
• Проверка праймеров

• Визуальное клонирование;
• Полная симуляция ПЦР;
• Максимально полный функциональный анализ последовательностей ДНК (идентификация рамок считывания, промоторов, терминаторов, интронов и т.д.);
• Интеграция с локальными и удаленными (Genbank) базами данных;
• Импорт и экспорт последовательностей ДНК в основных существующих форматах;
• Многоязычный интерфейс и документация.

Форматы файлов последовательностей.

В настоящий момент SQ способен открывать аннотированные последовательности в формате Genbank, текстовые файлы и файлы в своем собственном формате. Сохранение пока только в формате SQ. Формат SQ помимо собственно последовательности сохраняет ее аннотацию и графические карты (кольцевую и линейную). Планируется полная поддержка основных биологических форматов.

Ограничения альфа-версии:

• Графические карты при копировании переводятся в растровый формат (из-за бага компайлера при работе с векторной графикой, будет автоматически исправлено после обновления лицензии на компайлер)
  
• Для кольцевых молекул ДНК копирование фрагмента, пересекающего координату "0", пока невозможно.
• Часть функций (особенно в меню "Extras" носит тестовый характер и будет, скорее всего, удалена или заменена в окончательной версии)
• Изменение списка ферментов только через редактирование rebase-файла
• Минимальные возможности настройки
• Добавление или удаление нуклеотидов приводит к сбросу в исходное состояние координат перемещенных вручную объектов
• Много шероховатостей и мелких ошибок (которые постепенно ликвидируются)

Советы по использованию.

1. Во многих местах работает контекстное меню - пробуйте
2. Возможен последовательный выбор ферментов. Например, сначала выбрать с тупыми концами, затем те из них, которые режут 1 раз. Во всех случаях если какие-то ферменты в списке уже выделены, все последующие фильтры применяются уже к ним. Чтобы применить фильтр ко всему списку ферментов, сначала снимите уже имеющееся выделение (Restriction->Deselect All)
3. Сколько бы закладок ни было открыто, с файлом сохраняются только сиквенс и карта. Если карта не нужна, закройте закладку с ней перед сохранением файла.
4. Команда "Copy" из меню "Edit" копирует и сиквенс, и графику. По умолчанию при вставке в документ другой программы (напр. Word) будет вставлен сиквенс. Если нужна карта - используйте опцию "Paste special".