Программа SigmoID

Программа SigmoID на GitHub

Программа SigmoID предназначена для поиска регуляторных последовательностей (промоторов, сайтов связывания транскрипционных факторов, Rho-независимых терминаторов) в бактериальных геномах и редактирования аннотации геномных последовательностей с учетом регуляторной информации.

Внешний интерфейс SigmoID – это GUI-приложение, созданное в среде разработки Xojo, что дает ему стандартный внешний вид во всех трёх поддерживаемых операционных системах (OS X, Linux и Windows). GUI создаёт оболочку для использования некоторых программ из пакетов HMMER, MEME Suite и TransTerm HP, которые непосредственно отвечают за поиск. Обработка результатов nhmmer, mast и TransTerm HP, преобразование форматов последовательностей и добавление регуляторных сайтов к аннотации геномов реализованы как отдельные скрипты на языке Python. Эти скрипты вызываются из GUI, однако могут быть легко использованы и отдельно, а также, по желанию, их можно интегрировать в конвейер аннотации. Подробная информация по установке предоставляется с дистрибутивами для каждой платформы. Исходный код всего приложения SigmoID доступен по лицензии GPL 2.0.

SigmoID позволяет:

• находить данные о сайтах связывания транскрипционных регуляторов в специализированных базах данных (RegPrecise и RegulonDB);
• визуализировать выровненные сайты связывания в виде лого последовательности;
• расширять и сокращать границы выравниваний, а также маскировать их малоконсервативные участки;
• создавать оптимизированные hmm-профили на основе выравниваний последовательностей промоторов/сайтов связывания;
• искать промоторы/сайты связывания в бактериальных геномах с помощью откалиброванных (или не откалиброванных) hmm-профилей;
• добавлять аннотацию промоторов и  сайтов связывания транскрипционных факторов в геномные файлы в формате GenBank;
• просматривать и редактировать аннотацию генома с помощью интегрированного геномного браузера,
• просматривать данные RNA-seq покрытия (и любые другие "привязанные" к координатам цифровые данные) в геномном браузере.

Скачать последнюю версию программы "SigmoID"

Эта версия SigmoID включает два набора откалиброванных профилей для сайтов связывания транскрипционных факторов и промоторов, распознаваемых альтернативными сигма-факторами. Наборы оптимизированы для
1) пектолитических энтеробактериальных фитопатогенов из родов Pectobacterium и Dickeya и
2) представителей рода Pseudomonas.
Эффективность этих профилей для других бактерий будет ниже, однако при корректировке настроек они могут быть использованы для родственных бактерий. Для большинства бактерий из других семейств информация о многих сайтах связывания доступна через интегрированный доступ к RegPrecise.

© 2014-2016 Е.А. Николайчик, А.В. Доменикан