Олиго Кальк: Программа для расчёта свойств олигонуклеотидов (праймеров)

Простая в использовании программа для определения температуры плавления, оптической плотности, молекулярного веса олигонуклеотидов.

Введите последовательность олигонуклеотида  Нуклеотидный код (IUPAC)    A - аденин C - цитозин G - гуанин T - тимин в ДНК, урацил в РНК U - дезоксиурацил в ДНК, урацил в РНК I - инозин M - A или C R - A или G W - A или T S - C или G Y - C или T K - G или T V - A или C или G; не T H - A или C или T; не G D - A или G или T; не C B - C или G или T; не A N - A или C или G или T 5'- -3' Перевёрнутая комплементарная цепь (5' → 3'): 5' модификация (если есть) 3' модификация (если есть) Выберите тип олигонуклеотида Amino dT (C2) Amino dT (C6) BHQ-1 (Black Hole Quencher) Biotin Biotin Bromo-dC Bromo-dU C12-Aminolink C6-Aminolink Cholesterol-TEG Cyanine (CY) 3.5 Cyanine (CY) 5.5 Cyanine (CY) 3 Cyanine (CY) 3 NHS Ester Cyanine (CY) 5 Cyanine (CY) 5 Ester Digoxigenin dSpacer dUridine Fluorescein (6-FAM) Fluorescein Hexachloro-Fluorescein (HEX) 5-iodo-2'-dCytidine 5-iodo-2'-dUridine IRDye 700 chromophore IRDye 800 chromophore JOE chromophore LightCycler Red 610 LightCycler Red 640 LightCycler Red 670 LightCycler Red 705 MethylCytosine Oregon Green 488 32-P labeled 33-P labeled Phosphorylated Psoralen C6-Linker Psoralen TEG-Linker Rhodamine Fluorophore Rhodamine-Green 6-Carboxy-X-rhodamine (ROX) Spacer-18 Spacer-C12 Spacer-C3 Spacer-C6 Tetramethyl-rhodamine (TAMRA) Tetrachloro-Fluorescein (TET) Texas Red Fluorophore Thiol-Modifier C6 S-S BHQ-1 (Black Hole Quencher) BHQ-2 (Black Hole Quencher) Biotin Biotin TEG (Triethyleneglycol) C7-Aminolink Carboxy-dT Cholesterol-TEG-Link Cyanine (CY) 3 Cyanine (CY) 5 Dabsyl 2',3'-ddA 2',3'-ddC 2',3'-ddT Dig with C7 Spacer Fluorescein (6-FAM) Fluorescein 6-Fluorescein Hexachloro-Fluorescein (HEX) Inosine JOE chromophore LightCycler Red 640 Rhodamine Fluorophore 6-Carboxy-X-rhodamine (ROX) ROX Ester Tetramethyl-rhodamine (TAMRA) Tetrachloro-Fluorescein (TET) Thiol-Modifier C3 S-S оцДНК оцРНК дцДНК дцРНК         нM Праймер        Величина поглощения при 260 нм: ОП расчитывается только для одноцепочечной ДНК или РНК         мM Соли (Na+)
Физические константы  Длина: Молекулярный вес: (?) Содержание GC: % 1 мл раствора с ОП равной при 260 нм является микромолярным (?) и содержит микрограмм(а) олигонуклеотида.	Расчёт температуры плавления (TM)  °C Простой метод (?) °C С корректировкой по концентрации солей (?) °C По алгоритму ближайших соседей (?)
Термодинамические константы (?)  При условиях: 1 M NaCl при 25°C, pH 7. RlnK cal/(°K*mol) deltaH Kcal/mol deltaG Kcal/mol deltaS cal/(°K*mol)
Расчет вероятности образования шпилек и димеров праймеров (?)      1 2 3 4 5 6 7 8 (Минимальное количество пар оснований, необходимое для димеризации праймера)     1 2 3 4 5 6 7 8 (Минимальное количество пар оснований, необходимое для образования шпильки)

---

Информация об OligoCalc опубликована в статье:
Kibbe WA. 'OligoCalc: an online oligonucleotide properties calculator'. (2007) / Nucleic Acids Res. 35(webserver issue): May 25. ( Abstract / Full text)

История версий (на англ.)
Таблица химических модификаций и их структуры (на англ.)

На эту страницу можно свободно ссылаться или распространять её в любых образовательных или некоммерческих целях.
Copyright Northwestern University, 1997-2008.

---

Самая последняя версия всегда доступна по адресу:

http://www.basic.northwestern.edu/biotools/OligoCalc.html

---

Олиго Кальк написан на ЯваСкрипте.

Если у вас есть замечания, пожалуйста, пишите (на английском) автору:

Warren A. Kibbe, Ph.D.
Robert H. Lurie Comprehensive Cancer Center
Feinberg School of Medicine
Northwestern University
Chicago, IL 60611

Изначальный код написан Eugen Buehler (1996)

Research Support Facilities
Department of Molecular Genetics and Biochemistry
University of Pittsburgh School of Medicine

Код для проверки самокомплементарности и образования шпилек написан Qing Cao, M.S.

во время работы в Research Computing (1999-2001)
Northwestern University Medical School
Chicago, IL 60611

Код для расчета молекулярной структуры и веса написан Bob Somers, Ph.D.

at Glen Research Corporation

---